은하계의 행성들이 우주를 달리는 특급열차 은하철도로 연결되어 있는 서기 2221년의 세상.
 
부유한 이들은 자신의 몸을 기계화한 속칭 기계인간이 되어 메가로폴리스에서 영원한 행복을 누리고 사는 반면, 기계인간이 되지 못한
가난한 진짜 인간들은 메가로폴리스 외곽의 빈민가에서 살아가고 있었다.
 그러나, 이들 가난한 인간들에게도 신분상승을 위한 하나의
희망이 있었으니, 그것은 바로 무료로 기계인간의 몸을 준다는 꿈의 행성 안드로메다.
 다만, 이 안드로메다로 향하는 은하철도는
오로지 메가로 폴리스에서 출발하는 은하철도 999로, 이 999의 승차권 역시 가난한 이들에게는 터무니 없이 비싼 가격에 판매되고
 있었다.

빈민가에 살고 있는 철이(호시노 테츠로)와 철이의 엄마는 눈 내리는
어느날 밤 길을 가던 도중 나타난 기계백작의 일행의 습격을 받는다.
 산 사람을 사냥하여 박제하는 것을 취미로 삼고 있는 끔찍한
기계백작에게 철이의 엄마는 그만 목숨을 잃게 되고, 어머니를 잃은 슬픔에 오열하던 철이는 정신을 잃고 한 여인에게 구조된다.
 
어머니를 닮은 아름다운 외모에 눈부시도록 긴 금발머리를 가진 여인 메텔은 철이에게 자신과 동행하는 조건으로 은하철도 999에
탑승시켜 주겠다는 제안을 하게 되고...
 어머니의 몫까지 행복하게 살기 위해 기계의 몸을 갖기로 한 철이는 마침내 메텔과 함께
안드로메다로 향하는 긴 여정에 오르게 되는데...